Description

La seconde acti­vité est dédiée à la mise en place de l’ana­lyse auto­ma­ti­que et à la clas­si­fi­ca­tion des don­nées du cyto­mé­tre. La cyto­mé­trie en flux mesure dif­fé­ren­tes carac­té­ris­ti­ques des microal­gues telles que la taille, la forme et la com­po­si­tion en pig­ment. A la fin de l’ana­lyse, les micro-algues sont visua­li­sées sous forme de points sur des gra­phi­ques appe­lés cyto­gram­mes. Un logi­ciel relié au cyto­mé­tre en flux aide à orga­ni­ser ces points sous forme de groupe afin de défi­nir les dif­fé­ren­tes algues ou grou­pes d’algues. Toutefois, la défi­ni­tion de ces grou­pes est dépen­dante de l’expé­rience et de la connais­sance de chaque uti­li­sa­teur. Pour obte­nir des résul­tats com­pa­ra­bles entres dif­fé­rents uti­li­sa­teurs, nous pour­sui­vrons et diver­si­fie­rons le tra­vail pré­li­mi­naire réa­lisé sur les don­nées obte­nues pen­dant la phase de pré­pa­ra­tion.

Nous pro­po­sons de déve­lop­per une méthode auto­ma­ti­que de clas­si­fi­ca­tion basée sur :
1. L’extrac­tion de l’infor­ma­tion impor­tante qui requière une connais­sance appro­fon­die des métho­des de mesu­res et de la bio­lo­gie ou encore des carac­té­ris­ti­ques bio-opti­que des micro-orga­nis­mes aqua­ti­ques.
2. Le déve­lop­pe­ment de métho­des adap­tées dans le but de com­pa­rer et clas­si­fier les signaux.
3. L’élaboration d’algo­rith­mes de clas­si­fi­ca­tion basés sur les der­niers outils d’ana­lyse des signaux (clas­si­fi­ca­tion spé­ci­fi­ques, métho­des d’appren­tis­sage semi-diri­gée).
4. La vali­da­tion des per­for­man­ces opé­ra­tion­nel­les de tech­ni­ques sélec­tion­nées et leur inté­gra­tion à un logi­ciel commun d’ana­lyse. Le cou­plage entre les ana­ly­ses d’images et de cyto­mé­trie en flux sera également testé pour amé­lio­rer la reconnais­sance de dif­fé­ren­tes algues ou grou­pes d’algues clefs pour tester les clas­si­fi­ca­tions pro­po­sées.

Les biblio­thè­ques de cyto­gram­mes utiles pour reconnaî­tre les grou­pes fonc­tion­nels et les espè­ces clefs seront établies après avoir été contrô­lées par tous les par­te­nai­res et les experts inter­na­tio­naux. Puis, nous amé­lio­re­rons et déve­lop­pe­rons des outils de clas­si­fi­ca­tion et de dis­cri­mi­na­tion par des métho­des basées sur les obser­va­tions satel­li­tes. Cela four­nira des obser­va­tions à large échelle spa­tiale paral­lè­le­ment aux obser­va­tions in situ en bio­lo­gie et bio-opti­que. Enfin, une base de don­nées com­mu­nes sera déve­lop­pée et com­por­tera les signa­tu­res du phy­to­planc­ton, les don­nées envi­ron­ne­men­ta­les, ainsi que les grou­pes et fac­teurs de com­pa­rai­son auto­ma­ti­que, outils de clas­si­fi­ca­tion et également les outils d’iden­ti­fi­ca­tion par satel­lite. Notre objec­tif est de stan­dar­di­ser l’ana­lyse des cyto­gram­mes pour l’iden­ti­fi­ca­tion des espè­ces de phy­to­planc­ton ou grou­pes fonc­tion­nels.
Les prin­ci­paux béné­fi­ciai­res de cette acti­vité seront les labo­ra­toi­res du gou­ver­ne­ment ou de recher­che en charge de l’étude du phy­to­planc­ton.